Prema izvješćima FDA, najčešće nuspojave semaglutida uključuju mučninu, proljev, povraćanje, zatvor, bol u trbuhu, nadutost, vrtoglavicu, glavobolju, probavne smetnje, hipoglikemiju, gastroenteritis i gastroezofagealnu refluksnu bolest.

U ozbiljnijim slučajevima semaglutid može uzrokovati pankreatitis, žučne kamence, akutnu ozljedu bubrega, oštećenje mrežnice i ubrzan rad srca.

Ljudi koji uzimaju semaglutid imaju 4,6 puta veću incidenciju pankreatitisa od onih koji uzimaju druge vrste-lijekova za mršavljenje, a također je povezan s povećanom incidencijom gastropareze.